地下与港航工程系包括地下空间工程、港口航道与海岸工程两个专业，  通过4年的本科教育，使员工具备从事地下空间工程或港口航道与海岸工程的规划、设计、施工、监理和管理等方面的能力。目前地下与港航工程系在职教师26人，其中教授9人、副教授9人，讲师8人，大部分教师具有博士学历。国家1级注册结构工程师2人，注册土木工程师（岩土）5人。

地下与港航工程系开设的主要课程有：城市地下空间规划与设计、地下建筑结构、混凝土结构设计原理、地下混凝土结构设计、地下工程测试原理与监测、水工钢筋混凝土结构、海岸动力学、河流动力学、港口规划与平面布置、港口水工建筑物、航道工程学等。